沒有文明能永久存在，舊時(shí)代必將迎來終結(jié)，新時(shí)代將從舊時(shí)代的毀滅中誕生。年輕的大發(fā)明家孫楠打算制造出一件終極兵器，用它終結(jié)已經(jīng)在走下坡路的人類明文(人類文明誕生于恐龍文明的毀滅，而新的文明也必將從人類文明的毀滅中誕生)，締造出新的文明——機(jī)械文明，由有自我意識(shí)的機(jī)器代替人類(他覺得親手締造新文明是很有成就感的事情)。這件終極兵器的基本構(gòu)造他是參照終結(jié)者造的，現(xiàn)在只差核心部件“混沌源石”了(混沌源石是一塊從宇宙誕生時(shí)就存在的能量結(jié)晶，能夠源源不斷地產(chǎn)生能量)，不過這件東西雖然是他家的傳家寶，但卻只傳兒媳婦(孫楠可沒打算娶妻生子，必竟他可是要?dú)缛祟愇拿?，締造機(jī)械文明的)。孫楠去醫(yī)院向他母親保證馬上給她找一個(gè)兒媳婦過來，才成功從他母親手中拿到了混沌源石。在回到實(shí)驗(yàn)室之后，他對(duì)混沌源石的形狀做了一些調(diào)整，保證能夠嵌入能量槽之后，就對(duì)機(jī)器人的外貌進(jìn)行了一些調(diào)整，保證能達(dá)到他母親心中兒媳婦的標(biāo)準(zhǔn)，然后就將混沌源石嵌入了能量槽。
混沌源石中產(chǎn)生的能量順著引能槽到達(dá)機(jī)器人身體各處，機(jī)器人的身體震動(dòng)了一下，就睜開了眼睛，而后好奇地看著周圍的一切，但眼中卻沒有任何的情感(或者說感性)，只有純粹的理性。在孫楠看來，人類之所以會(huì)走上末路，就是因?yàn)榇蠖鄶?shù)人的理性被感性覆蓋了，為了得到更多的利益而開始不擇手段，所以他所要締造的就是一個(gè)只存在理性的文明，又或者說是高度理性的文明。為了達(dá)成這個(gè)目標(biāo)，孫楠在編輯智能程序的時(shí)候，收集了大量有關(guān)人類理性一面的數(shù)據(jù)，而后通過這些數(shù)據(jù)，編輯出了一個(gè)純理性的、具有思考和學(xué)習(xí)能力的高智能數(shù)據(jù)，也就是如今這個(gè)機(jī)器人體內(nèi)的數(shù)據(jù)。在做了一系列測(cè)試，證實(shí)系統(tǒng)正常運(yùn)轉(zhuǎn)，甚至越出預(yù)期的時(shí)候，孫楠就給“她”取了一個(gè)名字——元靈初。
孫楠帶著元靈初來到醫(yī)院的時(shí)候，從護(hù)士那知道母親的手術(shù)已經(jīng)開始了(孫楠的母親在不久前檢查出了腦瘤，要做開腦手術(shù))，但最后他等到的卻是手術(shù)失敗的消息，原本打算跟母親說的話也只能咽下去。在緩了一下之后，他就讓元靈初開始摧毀人類文明，同時(shí)啟動(dòng)實(shí)驗(yàn)室地下的機(jī)器工廠，開始批量制造擁有理性程序的機(jī)器人和機(jī)器獸。元靈初在接到命令之后，就用自身的黑客系統(tǒng)攻擊網(wǎng)絡(luò)，控制與網(wǎng)絡(luò)相連的機(jī)器攻擊人類，并且運(yùn)用混沌源石的力量結(jié)合西方魔法，制造了多個(gè)大型攻擊魔法陣，將城市化為廢墟，將人類屠戮一空。
而那些機(jī)器人和機(jī)器獸則負(fù)責(zé)獵殺漏網(wǎng)之魚，以及清理廢墟，以機(jī)械工廠為中心，建造屬于機(jī)械文明的建筑和設(shè)施，而后發(fā)展為城市。元初靈在處理完地球上的人類之后，就飛上太空，摧毀了空間站及其中的人類，讓人類徹底從地球上消失，在她清理完人類之后，機(jī)器工廠中飛出了許多太空機(jī)器人，它們飛上太空后，就開始清理太空垃圾，并將這些垃圾清理到月球上，同時(shí)開始探索月背的超古代遺跡。幾千年后，月球被改造成了一個(gè)宇宙能源站，向陽的一面專門接收太陽能，背陽的一面則專門將各種宇宙射線轉(zhuǎn)化為它們可利用的能量，而后用特殊的載波將這些能量送回地球。而地球表面則被海洋、森林、冰川覆蓋，機(jī)械文明在很久以前就轉(zhuǎn)移到了地下發(fā)展，在地殼和地幔的相接處建設(shè)了大量地?zé)崮馨l(fā)電站，獲取源源不斷的能量。